Zaštićene vrste Federacije BiH predstavlja modul ISZPFBiH, koji sadrži popis zaštićenih divljih vrsta biljaka, životinja i gljiva radi očuvanja biološke raznolikosti, prirodnog genofonda, odnosno vrste koje imaju poseban značaj sa ekološkog, ekosistemskog, biogeografskog, naučnog, zdravstvenog, ekonomskog i drugog aspekta za Federaciju BiH.

Pravilnikom o mjerama zaštite za strogo zaštićene vrste i podvrste i zaštićene vrste i podvrste („Službene novine Federacije BiH“, broj 21/20) su definisane strogo zaštićene (SZ) divlje vrste kao vrste koje su iščezle sa teritorije Federacije BiH ili njenih dijelova, vraćene programima reintrodukcije, krajnje ugrožene, ugrožene, reliktne, međunarodno značajne i zaštićene vrste, koje su od posebnog značaja za očuvanje biološke raznovrsnosti Federacije BiH, kao i zaštićene (Z) vrste koje u prirodi trenutno nisu ugrožene u mjeri da im prijeti opasnost da nestanu ili postanu kritično ugrožene ali su ranjive, endemične, indikatorske, reliktne, međunarodno značajne i zaštićene vrste, kao i one koje nisu ugrožene ali se zbog njihovog izgleda mogu lako zamijeniti sa strogo zaštićenim vrstama.

Pored statusa zaštite u FBiH, u Modulu se mogu pronaći podaci o statusu zaštite u zemljama u okruženju, međunarodnom statusu zaštite (Bernska konvencija, Direktiva o staništima EU, Direktiva o pticama EU, Bonska konvencija, CITES), kao i podaci o eventualnoj zaštiti u FBiH kroz zakonske odredbe nekih drugih sektora (npr. lovna i ribolovna zakonska i podzakonska regulativa).